Slivar
Slivar를 이용하면 VCF를 commandline에서 편하게 필터링할 수 있다.
VCF annotation을 빠르게 할 수도 있다고 하는데, 그 사용법은 나중에 공부해보자.
Installation
mamba install -c bioconda slivar
Python
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Quickstart
$slivar expr \ # filter and/or annotate with INFO, trio, sample, group expressions
--pass-only \ # Only output variants that pass at least one of the filters
--vcf [VCF_FILE] \
--alias group.tsv \ # Path to alias. VCF column에 SAMPLE로 등장하는 샘플 명이 각각의 entry가 된다.
--sample-expr "sufficient_depth:normal.DP > 3 && tumor.DP > 3" \
# expression(s) applied to each sample in the VCF.
--info "filter_pass:variant.FILTER == 'PASS'" \ # Variant 단위로 주어지는 filter expression들.
Shell
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