Installation
pip install genomepy
# conda install genomepy는 왠지 몰라도 안됨
# 2020.5.25 수정: 이제 됨
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•
genePredToBed
•
genePredToGtf
•
bedToGenePred
•
gtfToGenePred
•
gff3ToGenePred
를 PATH로 옮겨온다.
Configuration
~/.config/genomepy/genomepy.yaml 를 수정한다.
# 원래 이렇게 되어 있음.
genomes_dir: ~/.local/share/genomes/
# 수정 후.
genomes_dir: /data/project/dohoon/reference/
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Installing genomes
# ALT 까지 다 설치할 떄.
genomepy install hg38 UCSC
# Major chromosome만 설치할 때.
genomepy install hg38 UCSC -r 'chr[0-9XY]+$'
# Annotation까지 다 설치할 떄.
genomepy install hg38 UCSC -r 'chr[0-9XY]+$' --annotation
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