methylumi 사용하여 IDAT 파일 → beta value 변환하기

# Metadata for 99 samples manifest = read.table(‘SYNAPSE_METADATA_MANIFEST.SAMPLED.tsv’, sep=’\t’, header=T) # Read IDAT files mset450k = methylumIDAT(pdat=manifest) # or barcodes=c("A", "B", ...) # barcodes는 _Grn, _Red 제외한 샘플 이름의 벡터 # pdat은 'barcode' 라는 컬럼을 가진 테이블 sampleNames(mset450k) = unique(manifest$UID) # Background correction + dye-bias normalization mset450k.proc = stripOOB(normalizeMethyLumiSet(methylumi.bgcorr(mset450k))) # Save to csv write.csv(betas(mset450k.proc), ‘beta.csv’)