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실시간으로 작업의 progress를 확인하는 것은 언제나 옳다. 커피 한 잔 하고 올 수 있기 때문!
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Python의 tqdm 과 같은 일을 linux commandline 작업에서도 할 수 있으면 좋을 것 같아서, pv 사용법을 정리해 본다.
설치
$ conda install -c conda-forge pv
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Quickstart
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Uniref50 uniref50.fasta.gz 파일의 entry 수를 세고 싶다면, 아래와 같이 실행한다.
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-l 옵션은 처리 단위를 줄 단위로 설정하는 옵션이다.
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pv -l이 grep 뒤에서 출력을 받고 있으므로 ‘>’를 가지는 단백질 entry의 개수를 센다.
$ zcat uniref50.fasta.gz | grep '>' | pv -l | wc -l
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총 처리 줄 수, 걸린 시간, 초당 처리 줄 수가 실시간으로 나타난다.
54.5M 0:04:41 [ 193k/s] [ <=> ]
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