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GEO 데이터 업로드 방법

공동 연구 시, 생산된 raw sequencing data 및 processed data를 GEO에 업로드해야 할 경우가 있다.
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참고) GEO는 raw data와 해당 raw data의 프로세싱을 통해 얻은 processed data를 함께 업로드해야 하며, raw data만 업로드 할 경우에는 SRA를 이용한다.

요구사항

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NCBI 계정을 만들고, GEO 계정을 만들자. GEO 계정은 업로드 전용으로 사용한다.
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GEO 계정 정보를 잘 작성할 것. GEO 데이터 업로드 시 contact information으로 활용된다.
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계정 정보 변동에 따라 해당 계정으로 업로드된 모든 데이터의 contact information이 연동되어 바뀐다고 한다.
Submitting high-throughput sequence data to GEO
GEO accepts next generation sequence data that examine quantitative gene expression, gene regulation, epigenomics or other aspects of functional genomics using methods such as RNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, RIP-seq, HiC-seq, methyl-seq, etc. We process all components of your study, including the samples, project description, processed data files, and we submit the raw data files to the Sequence Read Archive (SRA) on your behalf.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html

업로드 프로세스

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Metadata table을 채우자. 예시는 아래에.
ATAC-seq_metadata.xlsx
90.6KB
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(1) Raw data, (2) Processed data (peak이나 expression table), (3) metadata를 하나의 폴더 안에 준비하자. 폴더 이름은 대충 구분 가능한 폴더명으로 정하자. GEO 측에서는 geo_submission_oct24 와 같은 폴더명을 추천한다.
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Submit을 시작하면, FTP login 정보와 개인에게 할당된 디렉토리 위치를 준다.
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리눅스 ncftp나 lftp 로 파일을 옮길 수도 있고, 윈도우의 경우 FileZilla client를 이용해서 옮길 수 있다.
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그 디렉토리에 데이터를 올린 뒤에 GEO 측에 notify 하면 된다. 데이터 전송 속도는 매우 느리다 (~1MB/s). 이 속도는 상황에 따라 더 빨라질 수도 있을 것 같지만, 여유를 두고 준비하자.